Berdirinya IDI tidak terlepas dari sejarah masa penjajahan Belanda di Indonesia. Diawali dengan merebaknya kasus penyakit menular pada abad ke-19, Pemerintah Hindia Belanda membentuk sekolah kedokteran pertama di Hindia Belanda pada tahun 1851 dengan nama School ter Opleiding van Inlandsche Geneeskundigen (dikenal luas dengan sebutan Sekolah Dokter Jawa). Tujuan sekolah kedokteran ini adalah untuk menghasilkan dokter dari kalangan bumiputera yang akan disebar ke berbagai daerah untuk menekan angka penyakit menular. Nama sekolah ini berubah menjadi School ter Opleiding van Inlandsche Artsen (STOVIA) pada tahun 1902 atas kebijakan politik etis dan adanya revisi pendidikan kedokteran. Istilah Dokter Jawa pun berubah menjadi Dokter Bumiputera (Inlandsche Arts).

Pada tahun 1911, lahirlah sebuah perkumpulan dokter yang bernama Vereniging van lndische Artsen. Nama perkumpulan ini kemudian berubah menjadi Vereniging van Indonesische Genesjkundigen (VGI) pada tahun 1926. Menurut Prof. Bahder Djohan (Sekretaris VIG selama 11 tahun — 1928-1938), perubahan nama ini berdasarkan landasan politik yang menjelma dari timbulnya rasa nasionalisme (dimana dokter pribumi dianggap sebagai dokter kelas dua), sehingga mengubah kata Indische menjadi Indonesische dalam VIG. VIG meletakkan sendi-sendi persatuan dengan tujuan pokok menyuarakan pendapat dokter untuk memperoleh penyamaan kedudukan antara dokter bumiputera (pribumi) dengan dokter Belanda dari segi kualitasnya.

Pada tahun 1940, melalui kongres di Solo diperoleh kesepakatan untuk (1) menugaskan Prof. Bahder Djohan untuk membina dan memikirkan istilah baru dalam dunia kedokteran; (2) berusaha meningkatkan upah dokter Melayu agar mempunyai derajat yang sama dengan dokter Belanda; dan (3) memberikan kesempatan pendidikan bagi dokter Melayu menjadi asisten dengan prioritas pertama. Tiga tahun berselang (1943), VIG dibubarkan saat pendudukan Jepang dan lahirlah Jawa izi Hooko-kai yang menandai lahirnya Ikatan Dokter Indonesia.

Pada tahun 1950, PB Perthabin (Persatuan Thabib Indonesia) yang diketuai Dr. Abdoelrasjid dan DP-PDI (Perkumpulan Dokter Indonesia) menyelenggarakan rapat. Atas usul Dr. Seno Sastromidjojo dibentuklah panitia penyelenggara Muktamar Dokter Warga Negara Indonesia (PMDWNI), yang diketuai Dr. Bahder Djohan. Pada tanggal 30 Juli 1950, diselenggarakanlah Muktamar Dokter Warga Negara Indonesia yang bertujuan untuk mendirikan suatu perkumpulan dokter warga negara Indonesia yang baru, dan merupakan wadah representasi dunia dokter Indonesia, baik di dalam maupun luar negeri.

Pada tanggal 22-25 September 1950, terselenggara Muktamar pertama Ikatan Dokter Indonesia (MIDI) yang digelar di Deca Park yang kemudian menjadi gedung pertemuan Kotapraja Jakarta. Sebanyak 181 dokter WNI (62 diantaranya datang dari luar Jakarta) menghadiri Muktamar tersebut. Dalam muktamar IDI itu, Dr. Sarwono Prawirohardjo terpilih menjadi Ketua Umum IDI pertama.

Pada tanggal 24 Oktober 1950, Dr. Soeharto (pantia Dewan Pimpinan Pusat IDI waktu itu), atas nama sendiri, dan atas nama pengurus lainnya, yakni Dr. Sarwono Prawirohardjo, Dr. R. Pringgadi, Dr. Puw Eng Liang, Dr. Tan Eng Tie, dan Dr. Hadrianus Sinaga menghadap notaris R. Kadiman untuk memperoleh dasar hukum berdirinya perkumpulan dokter dengan nama Ikatan Dokter Indonesia, yang dalam Anggaran Dasarnya pada tahun 1952 berkedudukan “sedapat-dapatnya di Ibukota Negara Indonesia” dan “didirikan untuk waktu yang tidak ditentukan”. Kata “Ikatan” yang terdapat dalam nama perkumpulan ini merupakan usul yang dikemukakan Dr. R. Soeharto.